Глубина Эльгыгытгын достигает более 170 метров. Считается, что озеро полностью не замерзало даже в ледниковый период, поэтому в нем сохранилась уникальная экосистема, а его дно является источником данных о жизни в этих местах за последние 3,5 миллиона лет.